2007/09/08, FileZilla 3.0.0 がリリースされました(FileZilla 3.0.0 のリリースノート).
FileZilla 2からソースが完全に書き直されています. Windowsだけではなく, Linux版もリリースされました.
サーバごとにカスタム文字セットを設定する項目がありますが, WindowsではEUC-JPがサポートされていないので 'EUC-JP'を指定しても無効でした.(参考: Re[2]: Various encodings to Unicode?)